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《Bioinformatics》发表张红生教授团队“WPMIAS: Whole-degradome-based Plant MicroRNA-Target Interaction Analysis Server”

发布人: 发布日期:2019-11-11 浏览次数:

2019116日,生物信息学领域知名刊物《Bioinformatics》(IF5=8.86)在线发表了题为“WPMIAS: Whole-degradome-based Plant MicroRNA-Target Interaction Analysis Server”的研究论文。该论文的署名单位为南京农业大学,我校博士生费宇涵为该文的第一作者,澳门新葡亰城官网app黄骥教授为论文通讯作者。

 

研究microRNA或其他非编码RNA生物学功能的一个关键之处就是准确鉴定它们的靶基因。已经有一些在线或本地的microRNA靶基因预测程序,但是还没有一个方便和高效的基于web的靶基因预测和验证服务或程序。本实验室2018年报道了一个植物miRNA和靶基因互作和调控网络数据库DPMIND(Fei et al., Bioinformatics, 2018),包含了验证了的已知植物miRNA和靶基因的互作关系。但是DPMIND只能查询已有miRNA的靶基因,不够灵活。本研究构建了一个新的基于webmiRNA靶基因预测和验证平台WPMIAS。该平台基于所有已知的植物降解组数据,可以一次性地预测miRNA的靶基因并通过所有已知的该植物降级组对miRNA和靶基因的互作关系进行验证。通过验证,用户除了可以确认miRNA的靶基因之外,还可以了解这种miRNA-target互作在什么时空条件下发生已经这种互作和切割的程度,因此用户可以构建该植物的miRNA-target互作图谱,并可以找到进一步的miRNA研究线索。目前WPMIAS支持64个植物物种,除了miRNA之外还支持其他能够切割靶基因的小RNA,比如21nt phase siRNA, nat-siRNA等。

 

WPMIAS的开发得到了南京农业大学中央高校基本科研业务费(Y201900029)的资助,其访问网址:https://cbi.njau.edu.cn/WPMIAS/

 

 

 

文章链接:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz820